《潘多拉之心》的故事起始，其实要追溯到画面时间的一百年前，那个惨绝人寰的沙布里耶的灭城之夜（沙布里耶悲剧），所有的因果，全部的人物恩怨，都是由因一夜而起。不过这个故事的叙述时间，则是由昔日曾共同对抗巴斯卡比尔子民，并取得了最终胜利的四大公爵家中，处于领袖地位的贝萨流士家下一任家主奥兹·贝萨流士的成人仪式开始。在这个仪式上，被奥兹视为挚友的侍从基尔巴特被控制，用奥兹的鲜血打开了前往关押重罪者的监狱“阿比斯”（另有译作“阿嵬茨”）的通道，在这个脱离了时空的监牢中，奥兹在生死关头，正式邂逅了出现在他梦中，最终改变了他一生命运的少女艾莉丝，灵体的称号是“染血黑兔”（B-Rabbit），拥有极强的战斗力，艾莉丝与奥兹缔结了非法的灵体契约，帮助奥兹从阿比斯回到了现实世界。只是此刻，现实的光阴恍惚已走过了十年，昔日奥兹最重视的好友也已经长大成人，他就像一个被抛离的孩子，在这个陌生的世界里孤独的幼小者。唯一的同伴就是被鸦封印了力量的的艾莉丝。由于奥兹与艾莉丝所缔结的灵体契约是非法的，所以他发挥艾莉丝的能力又是一个极限的时间，超过此限，奥兹本身也会成为堕入阿比斯的低级灵体。但是俩人依旧决定在这个时间来到之前一起战斗、并且生存下去，艾莉丝是为了追寻自己失去的记忆，而奥兹则是为了寻找出自己的罪名，两人决定要在这时间已经混乱了的世界上，彼此扶持，向命运追索最终的答案.