在与戈尔戈姆的战斗结束后半年，本应取回和平的地球突然被怪魔界克莱西斯帝国打破。克莱西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃的时候，光太郎被神秘的太阳光线照射，其体内的帝王石亦产生了变化，光太郎也因此变成了新生的光之王子——“太阳之子”假面骑士Black RX，并展开了与克莱西斯帝国的战斗……在与克莱西斯帝国各种战斗中南光太郎累积经验，并得到再变身能力。在不同场合RX能进化为“悲伤王子”机械骑士，“愤怒王子”生化骑士。这是继假面骑士Black之后的又一个假面骑士。在后期除了10位假面骑士前辈出场以外，连前作的影月也出场，可谓名副其实的昭和假面骑士大集结之作。
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